為了與一般的普通食品相區別，綠色食品實行標志管理。綠色食品標志由特定的圖形來表示。綠色食品標志圖形由三部分構成：上方的太陽、下方的葉片和中心的蓓蕾。標志圖形為正圓形，意為保護、安全。整個圖形描繪了一幅明媚陽光照耀下的和諧生機，告訴人們綠色食品是出自純凈、良好生態環境的安全、無污染食品，能給人們帶來蓬勃的生命力。綠色食品標志還提醒人們要保護環境和防止污染，通過改善人與環境的關系，創造自然界新的和諧。

　　綠色食品標志商標作為特定的產品質量證明商標，1996年已由中國綠色食品發展中心在國家工商行政管理局注冊，從而使綠色食品標志商標專用權受《中華人民共和國商標法》保護，這樣既有利于約束和規范企業的經濟行為，又有利于保護廣大消費者的利益。目前，綠色食品商標已在國家知識產權局商標局注冊的有以下十種形式。

　　2019年，綠色食品標志圖形及綠色食品中、英文組合著作權于2019年4月17日在國家版權局登記保護成功，有效期為50年。 

　　標志使用管理 

　　綠色食品實施商標使用許可制度，使用有效期為三年。在有效使用期內，綠色食品管理機構每年對用標企業實施年檢，組織綠色食品產品質量定點檢測機構對產品質量進行抽檢，并進行綜合考核評定，合格者繼續許可使用綠色食品標志，不合格者限期整改或取消綠色食品標志使用權。

　　市場監察 

　　加強對用標產品的監督檢查，配合工商和技術監督等部門清理、整頓和規范綠色食品市場，打擊假冒綠色食品，糾正企業不規范用標行為，維護綠色食品生產經營者和消費者合法權益。

　　產品公告 

　　定期在指定的國家級新聞媒體和官方網站上公告新認證的和被取消的綠色食品產品。

　　社會監督 

　　綠色食品管理機構和企業自覺接受新聞媒體和社會各界的監督，做到公正、公平、公開。